На территории заповедников охраняется весь природный комплекс. На территории заказников охраняется один или несколько видов природных ресурсов.
Заповедники обычно занимают большие площади.
В зависимости от природоохранной ценности и особенностей природных экосистем на территории заповедников устанавливаются зоны с различными режимами охраны природных комплексов. Особенности режимов каждой зоны определяются Положением о заповеднике.
Так как заповедники и заказники создаются с целью охраны ценных природных комплексов, важно оградить их от внешних неблагоприятных воздействий (создаются буферные зоны, вводятся экологические ограничения на размещение вблизи заповедников и заказников промышленных предприятий, крупных животноводческих комплексов и других объектов, деятельность которых может нанести ущерб охраняемым природным комплексам).